南京公司注册可以通过南京市工商行政管理局网上服务平台进行申请。具体步骤如下：
进入南京市工商行政管理局网上服务平台（http://www.njgs.gov.cn/）。
在网站首页上方的导航栏中，选择“企业注册登记”选项。
在弹出的页面中，选择“企业注册”选项。
阅读并同意相关条款后，填写企业基本信息，包括企业名称、经营范围、注册资本等。
上传企业法人身份证明、股东身份证明、营业执照等相关材料。
确认信息无误后，提交申请。
缴纳相关费用后，等待工商行政管理局审核。
审核通过后，领取营业执照、组织机构代码证、税务登记证等相关证件。
需要注意的是，南京公司注册需要提供真实、准确的企业信息和相关材料，否则可能会导致注册失败或者后续问题。此外，注册过程中需要缴纳相关费用，具体费用标准可以在南京市工商行政管理局网站上查询。