法律主观：1、增值税一般纳税人当期应交增值税应该是销项税额扣减进项税额的差额。2、如果销售货物发生的运费并取得增值税专用发票，按照11%的税率计算抵扣进项税额。《营业税改征增值税试点实施办法》第十二条，增值税税率：（一）提供有形动产租赁服务，税率为17%。（二）提供交通运输业服务、邮政业服务，税率为11%。（三）提供现代服务业服务（有形动产租赁服务除外），税率为6%。
法律客观：2007年7月1日起施行的《中华人民共和国农民专业合作社法》确立了农民专业合作社的法律地位。为促进农民专业合作社的健康发展，国家相继出台了一些税收优惠政策。如某屠宰厂（系一般纳税人）从某生猪养殖专业合作社（系一般纳税人）购进生猪（系农民专业合作社成员生产的免税农业产品），取得的增值税普通发票能否抵扣？依据《财政部、国家税务总局关于农民专业合作社有关税收政策的通知》（财税〔2008〕81号）规定：对农民专业合作社销售本社成员生产的农业产品，视同农业生产者销售自产农业产品免征增值税。增值税一般纳税人从农民专业合作社购进的免税农业产品，可按13％的扣除率计算抵扣增值税进项税额。该文件并未明确依据何种发票抵扣进项税额。而《财政部、国家税务总局关于免征部分鲜活肉蛋产品流通环节增值税政策的通知》（财税〔2012〕75号）第三条明确规定：“《中华人民共和国增值税暂行条例》第八条所列准予从销项税额中扣除的进项税额的第（三）项所称的‘销售发票’，是指小规模纳税人销售农产品依照3％征收率按简易办法计算缴纳增值税而自行开具或委托税务机关代开的普通发票。批发、零售纳税人享受免税政策后开具的普通发票不得作为计算抵扣进项税额的凭证”。此文件的出台有点“下位法规范上位法”的味道，缩小了《中华人民共和国增值税暂行条例》第八条界定的范围。因此，属于一般纳税人的生猪养殖专业合作社开具免税的增值税普通发票不能作为屠宰厂抵扣进项税额的凭证。结合前后文件规定容易让人产生这样的误解：屠宰厂只能向生猪养殖专业合作社开具农产品收购发票，才能据以计算抵扣进项税额。而该生猪养殖专业合作社是有能力自行开具发票的纳税人，这么做显然不妥，却又没有否定的政策依据。由于农产品收购发票由纳税人自开自抵，存在很大的弊端。为进一步规范农产品增值税进项税额扣除，堵塞征管漏洞，国家税务总局先后在部分行业试行农产品增值税进项税额核定扣除办法，取消农产品收购发票只是时间问题。如果全面推行农产品增值税进项税额核定扣除办法，上述问题就迎刃而解了。但在目前，笔者还是建议上级机关尽快出台政策，明确一般纳税人从农民专业合作社购进免税农产品凭何种发票抵扣进项，减少征纳双方矛盾，降低基层执法风险，切实落实惠农政策，更好扶持农业发展。
运费的增值税如何抵扣小规模企业支付的运费的增值税不能进行抵扣，对于一般纳税人而言，企业购进商品或者材料等所支付的运费，可以根据对方开具的增值税发票上的税额进行勾选认证后抵扣，其抵扣方式和其他增值税专用发票一致，分录为
借：原材料—XX材料—运费
应交税费—应交增值税—进项税额
贷：应付账款等。
运输费用可以抵扣进项税额吗？纳税人购进货物或销售货物以及生产经营过程中支付的运输费用，可以凭取得的合规抵扣凭证抵扣进项税额。 进项税额是指纳税人购进货物、应税劳务、服务、无形资产及不动产支付或实际负担的增值税税额，纳税人购进运输服务，取得合规抵扣凭证(增值税专用发票)，可以凭票面上的税额抵扣增值税。
实务中，纳税人购进运输服务，主要分为以下几种情况，企业购进原材料等过程中，由于采购方不负责运输费用，而由本企业实际承担的运输费用(第三方运输公司将运输发票开给本企业);企业对外销售货物，与第三方运输企业签订送货到门的运输费用;生产经营过程中，比如半成品、产成品等不同仓库之间运输，与第三方运输企业签订的运输服务协议;本企业员工出差期间购进的国内旅客运输服务。 与第三方运输公司签订货物运输服务协议，凭取得的增值税专用发票，抵扣增值税，运输服务适用税率为9%，若第三方运输企业为小规模纳税人，适用3%征收率。
需要注意以下情况的运输费用不得抵扣增值税进项税额:1购进运输服务用于免税项目、简易计税项目、集体福利以及个人消费的;2非正常损失的购进货物对应的交通运输服务;3非正产损失的在产品、产成品对应的运输服务，4非正常损失的不动产、在建工程所耗用的运输服务;5国务院财政、税务主管部门规定的纳税人自用消费品对应的运输费用。 对于企业购进国内旅客运输服务，增值税抵扣凭证包括增值税专用发票，增值税电子普通发票，注明旅客身份信息的航空电子客票行程单、注明旅客身份信息的铁路车票、注明旅客身份信息的公路、水路等其他客票。
增值税专用发票和增值税电子普通发票凭发票上的税额抵扣增值税，取得注明 旅客身份信息的航空电子客票行程单、铁路车票、公路、水路等其他客票需要计算可以抵扣的进项税额。 航空旅客运输进项税额=(票价+燃油费)÷(1+9%)×9% 铁路旅客运输进项税额=票面金额÷(1+9%)×9% 公路、水路等其他旅客运输进项税额=票面金额÷(1+3%)×3%