大体的政策如你所说：
仓储物流企业在国税发[2005]208号文件下发之前确实存在重复纳税的问题，因此为避免重复纳税，降低纳税人税负水平出台了这个文件，即仓储物料企业可以实行差额纳税；
仓储物料企业承揽的运输业务必须单独核算，按照交通运输业（3%）征收营业税，不单独核算的一并并入仓储业务按照服务业5%的税率缴纳所得税，因此在做账务处理时注意这点；
具体操作：试点物流企业承揽的运输业务分给其他单位并统一收取价款应该以企业收取的全部收入减去支付给其他联运合作方运费后的余额缴纳营业税，但是必须取得合作方开具的运输发票，也就是说你在申报时以全部收入减去支付给合作方的运费后的余额为计税依据申报缴纳营业税；承揽的运输业务也是如此。