一般情况下增值税申报时，申报的是当月的开票金额， 而利润表上的收入必须与增值税申报表上的这个金额一致。
除非是你上月增值税纳税申报时报过未开票收入，本月才开对应这部分收入的发票。 那么有可能出现本月的开票金额大于你当月确认的收入金额。 否则你等于少报收入，偷税（企业所得税）。
要是你确实是我所说的上月未开票收入本月开票的情形， 那你要把申报数据导出来，到国税局单独申报，而不能从网上申报， 电子申报必须保证两者一致才能报出去，故你是无法在企业里直接报的。 具体操作建议你问一下当地税务局或者是你的报税软件公司，咨询一下如何导出数据。