作废增值税专用发票最重要的是在开票系统里作废，在发票填开窗口里有个发票作废一栏，单点需要作废的发票，将其点成深色，再点击下面的作废按钮，这张发票就在税务系统里作废了，这才叫真正的作废，就可以不用上税了。然后再对纸质发票作废，这就是次要的了，如果单位有作废章，盖作废章看起来正规点，如果单位没有作废章，就直接用笔写在发票上（发票自带复写，每一张都作废了），然后将作废的三联发票保管好（很重要，一定不能遗失），留单位备查就行了。
作废发票必须是当月的发票，如果跨月的发票，是不可能作废的（金税系统里是不认可的），只能采取开红字的方式冲掉该发票（开红冲发票有专门的手续，你应该知道）。
不明白你为什么问敲章的事，只要电脑系统里作废了，盖不盖章都是废票了，如果电脑系统里不作废，就是你盖满了作废章，一样的要求你上税视同正常发票的，而跨了月的发票是根本不可能作废的，更谈不上盖作废章了。