抵扣发票操作流程如下：1、纳税人在收到增值税进项税发票后首先需要查看抵扣联第一联和发票联第二联是否齐全，核查开票的内容是否真实、正确，并检查是否有加盖单位发票专用章；2、在检查无误后再带上抵扣联去税务局认证，由税务局工作人员将发票信息扫入系统，由系统自动进行比对。
认证完成后，税务机关工作人员会归还抵扣联，并知识出一式两联的增值税发票认证结果清单和认证结果通知书，需要纳税人盖上放在窗口的认证专用章。
关于抵扣的相关知识：1、抵扣在国内一般意义上讲即增值税抵扣，是一个经济学名词；2、只有增值税才有抵扣之说。
所谓增值税就是对增值部分收税，比方买的货物，对方开的增值税专用发票，付出去的款项是价格+进项税；卖出商品，给对方开的增值税票，也是价格+销项税，纳税额只有增值税专用发票才可以抵扣，普通发票是无法抵扣的；3、增值税抵扣：应知识的税费=销项税-进项税。
综上所述，发票认证是企业在进行增值税纳税申报时必须要进行的步骤。
以上介绍的认证流程以及相关知识，可以帮助企业更好地确保顺利完成增值税纳税申报抵扣工作，提高企业的税务合规性和经济效益。
【法律依据】：《中华人民共和国增值税暂行条例》第四条纳税人销售货物、劳务、服务、无形资产、不动产，以下统称应税销售行为，应纳税额为当期销项税额抵扣当期进项税额后的余额。
应纳税额计算公式：应纳税额=当期销项税额－当期进项税额，当期销项税额小于当期进项税额不足抵扣时，其不足部分可以结转下期继续抵扣。
第九条纳税人购进货物、劳务、服务、无形资产、不动产，取得的增值税扣税凭证不符合法律、行政法规或者国务院税务主管部门有关规定的，其进项税额不得从销项税额中抵扣。
发票怎么认证发票认证是什么意思?
发票认证是指本企业购进，用于在生产或在销售的商品及原材料收到的增值税专用发票，需要进行进项税抵扣的需要进行认证，认证期限是发票开出90天之内，一般要携带认证发票的抵扣联发票联和税务登记证副本进行发票认证。
拿到增值税发票后持第一联抵扣联及发票联到管辖国税局去认证发票真假，认证通过就可抵扣税款，即本月应交国税=本月销项税减进项税，增值税发票要在90天以内去认证，否则不予抵扣。
发票就是发生的成本、费用或收入的原始凭证。对于公司来讲，发票主要是公司做账的依据，同时也是缴税的费用凭证；而对于员工来讲，发票主要是用来报销的。
发票认证是指税务机关对增值税一般纳税人取得的防伪税控系统开具的增值税专用发票抵扣联和运输发票抵扣联，利用扫描仪自行采集其密文和明文图像，运用识别技术将图像转换成电子数据，然后对发票密文进行解密，并与发票明文逐一核对，以判别其真伪的过程，不包括防伪税控认证子系统增值税专用发票抵扣联信息企业采集方式。
增值税发票怎么认证增值税发票认证如下：1、远程认证。
远程认证是由纳税人自行扫描、识别专用发票抵扣联票面信息，在此过程中将会有电子数据的生成，通过网络传输至税务机关，经过税务机关对其解密以及认证，并将认证结果信息返回给纳税人的认证方式；2、上门认证。
上门认证是指纳税人需要提供增值税专用发票抵扣联等资料，要求纳税人到税务机关的申报征收窗口或者自助办税机进行认证的方式；3、勾选认证。
勾选认证是指符合条件的纳税人通过特定的网址，对升级版增值税开票系统开具给自己的增值税发票信息进行查询，然后通过勾选和确认的形式完成发票认证。
增值税的特征为：1、以增值额为课税对象。
从征税对象看，无论各国的法定增值额有多大差别，增值税都是以增值额而不是以销售全额为课税对象；2、 实行普遍征税。
无论是从横向看还是从纵向看，都有着广阔的税基。
从生产经营的横向关系看，无论工业、商业或者劳务服务活动，只要有增值收入就要纳税；从生产经营的纵向关系看，每一货物无论经过多少生产经营环节，都要按各道环节上发生的增值额逐次征税；3、实行多环节征税。
从纳税环节看，增值税实行多环节征税，即在生产、批发、零售、劳务提供和进口等各个经营环节分别课税，而不是只在某一环节征税。
综上所述，增值税是一种流转税，增值税销项税额与进项税额的差额就是应纳增值税额。
增值税是价外税，在会计核算中，销项税额与进项税额与成本费用无关，提取销项税和进项税额抵扣都在“应交税费—应交增值税”科目核算，与财务费用无关，也不反映到利润表。
【法律依据】：《中华人民共和国增值税暂行条例》第一条在中华人民共和国境内销售货物或者加工、修理修配劳务（以下简称劳务），销售服务、无形资产、不动产以及进口货物的单位和个人，为增值税的纳税人，应当依照本条例缴纳增值税。
纳税人兼营不同税率的应当缴纳消费税的消费品（以下简称应税消费品），应当分别核算不同税率应税消费品的销售额、销售数量；未分别核算销售额、销售数量，或者将不同税率的应税消费品组成成套消费品销售的，从高适用税率。