根据2011年新修订的《印花税暂行条例》，货物运输合同，立合同人需要按照运输费用的0.5‰缴纳印花税。
货物运输包括民用航空运输、铁路运输、海上运输、内河运输、公路运输和联运合。
货物运输合同是按运输费用金额来计算，即使没有合同，有运费发票(包括国际货运发票)也要缴纳印花税，而且按发票全额计算印花税，不扣除进项税部分。
但是运费发票中记载的装卸费、保险费等可以在计算印花税时扣除，例如一张运费发票中注明运费500，装卸费100，保险费50，则按500计算印花税。
应纳税额不足1角的，免纳印花税。
应纳税额在1角以上的，其税额尾数不满5分的不计，满5分的按1角计算缴纳。
货物运输合同如何缴纳印花税货物运输合同的印花税=货物运输合同的运费金额*万分之5。
印花税不需要计提，扣缴的时候通过税金及附加—印花税科目核算。
缴纳的货物运输合同印花税账务处理是
借：税金及附加—印花税
贷：银行存款。
货物运输合同印花税的计税依据有哪些？货物运输合同属于印花税中经济合同税目中的应税凭证，因此需要缴纳印花税，缴纳印花税时，其计税依据是怎样的？货物运输合同印花税的计税依据是怎样的？国内：国内承、托运双方签订了货物运输合同就要按照货物运输合同税目缴纳印花税，如果没有签订合同，但是有运费结算凭证，视同合同缴纳印花税。
货物运输合同的计税依据是运输费用，装卸费用不作为计税依据。
5‰。
统一结算全程运费的，按照全程运费计算印花税，分程结算运费的，按照分程运费计算印花税，承运方按照实际收取的运费贴花，托运方按照实际支付的运费贴花，其中，承运人以货物运输专用发票的记账联作为应税凭证；托运人以货物运输代理业专用发票的发票联作为应税凭证。
外地托运人委托货运代理企业办理国际货运业务的时候，应在本市缴纳印花税。
如果纳税人采用核定征收方式缴纳印花税，按照企业会计制度确认的主营业务收入金额为计税依据；国际：如果是国际货运，我国运输企业运输的，按照所持的运费结算凭证计算应纳印花税额；由外国运输企业运输进出口货物的，运输企业免纳印花税，但是托运方按照所持的运费结算凭证计算缴纳印花税。
如果是国际货运代理企业接受托运人的委托代办国际货运业务，收取和支付运费的结算凭证，则不征收印花税。
因为其结算的运费属于代垫性质，根据印花税的相关条例规定要缴纳印花税的经济合同有10大类合同，委托代理合同不属于印花税的应税凭证。