目前，关于差额征税，有两大类开票方式，一是全额开票，即企业可以全额开具增值税专用发票；二是差额开票，即扣除部分不允许开具增值税专用发票，其余部分可以开具增值税专用发票。
全额开票
有一部分差额征收项目，税法并未规定差额部分不得开具增值税专用发票，例如选择简易计税方法提供建筑税服务的纳税人，提供客运场站服务的一般纳税人等。
纳税人虽然适用差额征税方法，但可以选择全额开具增值税专用发票，购买方可以全额抵扣进项。差额部分以及差额计税体现在增值税申报表以及会计分录上，而非发票上。
差额开票
另外一部分差额征税项目，税法明确规定了扣除部分不得开具增值税专用发票，例如提供经纪代理服务、提供旅游服务、提供劳务派遣服务。
财税【2016】36号文附件2：
经纪代理服务，以取得的全部价款和价外费用，扣除向委托方收取并代为支付的政府性基金或者行政事业性收费后的余额为销售额。向委托方收取的政府性基金或者行政事业性收费，不得开具增值税专用发票。
试点纳税人提供旅游服务，可以选择以取得的全部价款和价外费用，扣除向旅游服务购买方收取并支付给其他单位或者个人的住宿费、餐饮费、交通费、签证费、门票费和支付给其他接团旅游企业的旅游费用后的余额为销售额。选择上述办法计算销售额的试点纳税人，向旅游服务购买方收取并支付的上述费用，不得开具增值税专用发票，可以开具普通发票。
在这种情况下，纳税人有两种开票方式，一是全额开具普通发票，购买方不得抵扣进项；二是扣除部分开具普通发票，其余部分开具增值税专用发票，购买方就其余部分抵扣进项，扣除部分不能抵扣进项。
另外，根据国税总局2016年23号公告，按照现行政策规定适用差额征税办法缴纳增值税，且不得全额开具增值税发票的（财政部、税务总局另有规定的除外），纳税人自行开具或者税务机关代开增值税发票时，通过新系统中差额征税开票功能，录入含税销售额（或含税评估额）和扣除额，系统自动计算税额和不含税金额，备注栏自动打印“差额征税”字样，发票开具不应与其他应税行为混开。因此，适用差额征税办法，且不能全额开具增值税发票的企业，也可以在新系统中使用差额征税开票功能，系统自动计算，然后开具发票。
差额征税发票怎么开正文回答纳税人行开具增值税发票时，通过新系统中差额征税开票功能开票。
录入含税销售额全部价款和价外费用，和扣除额，系统自动计算税额和不含税金额，备注栏自动打印差额征税字样，发票开具不应与其他应税行为分开。
分析差额征税是营改增以后为了解决无法通过增值税进项发票抵扣来避免重复征税的项目而采取的一种抵扣方法。
差额部分不得开具专票。
开票方式有以下三种，可由纳税人根据需要自行选择：1、差额部分开具普通发票，剩余部分开具专票；2、全额开具增值税普通发票，下一步差额的扣除，可以通过附表三结转至附表一。
使用差额开票功能开具发票。
如何使差额部分可以开具增值税专用发票销售方全额开票，差额纳税，购买方符合规定的可全额抵扣税款。
对于可以全额开具专票的差额征税，应当通过申报方式体现出差额后的税款，而不能采取差额开票的方式。
差额征税票可以开几张如果政策规定扣除项目不得开具专用发票，可开具两张发票，不得开具专票的扣除部分开具普票，余额部分开具专票，也可以全额开具普票。
凡政策文件未标明不得开具专票情形，销售方可以全额开具专票，购买方可全额抵扣。
差额征税如何开票差额征税是营改增以后为了解决那些无法通过增值税进项发票抵扣来避免重复征税的项目而采取的一种抵扣方法。
简单的说，差额征税可以分成两种类型，第一种是差异部分(指扣除部分，下同)不能开增值税专用发票，另一种是差异部分可以开增值税专用发票。
差额部分不得开具专用发票业务，差额部分由卖方缴纳税款，差额部分由买方抵扣税款，体现了增值税多少由卖方征收，增值税多少由买方抵扣的原则。
差额部分可以开具专票的业务，销售方差额纳税，购买方全额抵扣税款，减轻了销售方不能取得进项发票的税负问题，又使购买方的利益不受影响。
第一种类型：
销售方征多少增值税，购买方抵多少增值税。即如果政策明确规定差额部分不得开具增值税专用发票，其开票方式有以下三种:一是全额开具一般发票;二是余额开具一般发票，剩余部分开具增值税专用发票;三是采用“差额开票”开票方式，这种类型的发票，在收到发票后取得的余额中，相应的进项税额自然没有参与抵扣。
第二种类型：
销售方全额开票，差额纳税，即除了政策明确规定余额部分除项目外不得开具增值税专用发票外，其余项目均可全额开具增值税专用发票。减轻了卖方无法取得进项发票的税收负担，不影响买方的利益。对于可以在增值税全额专用发票中开具的“差额征税”，税后的差额在纳税申报中可以体现。