小规模纳税人到税务局代开增值税专用发票以后，会计处理时要按专用发票上载明的金额记入主营业务收入贷方，按发票上的税额记入应交税费-应交增值税贷方，根据交易实际情况借记现金或银行存款、应收账款、预收账款等科目。根据税务机关的完税证上的明细金额，借记相关科目。
代开发票法律依据：根据《中华人民共和国发票管理办法第二十五条的规定：任何单位和个人不得转借、转让、代开发票;《中华人民共和国发票管理办法实施细则》第二十六条规定：凡需向税务机关申请开具发票的单位和个人，均应提供发生购销业务，提供接受服务或者其它经营活动的书面证明，对税法规定应当缴纳税款的，税务机关应当在开具发票的同时征税。只有在税务局代开的发票才是合法的。
开票后财务处理：税务局发票代开岗位完成发票开具、税款扣缴后，会把税务局盖章的增值税专用发票共三联和完税凭证交给纳税人，其中：发票的第一联为记账联，是纳税人据以入账的凭据，第二联为抵扣联、第三联为发票联，是交易购买方认证抵扣进项税以及入账的凭据，完税证是纳税人扣缴税款后的证明票据。财务会计分录：按发票记账联上载明的金额和税额做如下处理：
借：现金(或银行存款、应收账款、预收账款等科目，以发票上的价税合计金额记账，)
贷：主营业务收入(发票上的金额)
应交税费-应交增值税(发票上的税额)
根据完税证做如下处理：
借：应交税费-应交增值税(完税证上的增值税税款)
-城市维护建设税(完税证上的城市维护建设税金额)
-教育费附加(完税证上的教育费附加金额)
-地方教育附加(完税证上的地方教育费附加金额)
-企业所得税(完税证上的企业所得税金额，个体工商户申请代开的，缴纳个人所得税)
贷：现金(刷个人银行卡的记入现金，从企业账户上扣缴税款的记入银行存款)
同时做增值税以外的税款的税费计提：
借：营业税金及附加
贷：应交税费-应交增值税(完税证上的增值税税款)
-城市维护建设税(完税证上的城市维护建设税金额)
-教育费附加(完税证上的教育费附加金额)
-地方教育附加(完税证上的地方教育费附加金额)
计提所得税：
借：所得税费用
贷：应交税费-企业所得税
期末结转相关成本及损益科目。