小规模纳税人的零申报处理如下：
首先登陆国税网再点“办税服务厅”中的“申报缴税”；
再“进入办税区”再输入密码，进入到了国税网；
然后再点“申报缴税”—“进入办税区”就会出现要报的税种，如果是月度就是会出现“增值税”，季度的话还会有“企业所得税”；
直接点“增值税”后面的“我要申报”然后进去填表，直接“保存”，然后点正式申报。零申报是在税务机关办理了税务登记的纳税人、扣缴义务人当期未发生应税行为，按照国家税收法律、行政法规和规章的规定，应向税务机关办理零申报手续，并注明当期无应税事项。通俗地讲，纳税申报的所属期内（如11月申报所属期为10月份）没有发生应税收入（销售额），同时也没有应纳税额的情况，称为零申报。注意的是连续三个月零申报属于异常申报，列入重点关注对象。小规模纳税人是指年销售额在规定标准以下，并且会计核算不健全，不能按规定报送有关税务资料的增值税纳税人。所称会计核算不健全是指不能正确核算增值税的销项税额、进项税额和应纳税额。