分公司合并纳税申请流程是先携带相关申请资料到税务机关办理，然后就是等待税务机关的审核，最后就是到受理处领取审批结果。分公司不具有合法效力的法人，所以分公司不能单独进行纳税，只能与总公司合并缴纳。
分公司合并纳税申请流程是怎样的 (一)申请 纳税人携带资料向主管税务机关办税服务大厅提出申请。申请资料如下: 1、分支机构税务登记证复印件; 2、总机构税务登记复印件; 3、《非独立核算分支机构合并申报认定表》。 (二)审核 税务机关审核提出合并申报申请的企业是否为非独立核算分支机构，审核被合并申报企业是否存在于进行合并申报企业的分支机构名单中，检查其分支机构与总机构的核算方式，账务往来，账簿设立情况是否符合查账征收合并申报的要求。符合条件的予以办理。 (三)生效取件 纳税人在税务机关承诺的期限后，到受理窗口领取审批结果。二、分公司可以合并纳税吗 新的所得税法是按法人交纳所得税的，分公司不是法人，不能独立纳税。合并纳税实际上是一种税务优惠。对外国公司、企业在中国境内设有两个及两个以上营业机构的，可以合并申报纳税。但选定的负责合并申报的机构必须具备两个条件:对其他各营业机构负有监督管理责任，设有完整的账册、凭证，能够正确反映各营业机构的收人、成本、费用和盈亏情况;三、分公司和子公司的区别在哪里 1.设立方式不同 子公司一般是由包括公司在内的两个以上股东按照《公司法》的规定设立，注册应当符合《公司法》对设立条件及投资方式的规定，并到工商部门领取《企业法人营业执照》，子公司的名称最后一般是某某有限责任公司或某某股份有限公司。 公司设立分支机构，一般是由总公司在其住所地之外向当地工商机关提出设立申请，领取《营业执照》，分公司的名称最后都是某某分公司。 2.法律地位不同 子公司具有法人资格，拥有独立的名称、公司章程和组织机构，对外以自己的名义从事经营活动，并可以在其自身经营范围内独立开展各种业务活动、从事各类民事活动，独立承担公司行为所带来的一切后果和责任。但涉及公司利益的重大决策或重大人事安排，仍须由母公司决定。 分公司是由总公司在其住所地之外向当地工商部门提请设立的，其属于总公司的分支机构，不具有法人资格，无独立的名称、公司章程和组织机构，虽可以独立开展业务活动，但必须以总公司分支机构的名义从事经营活动，且只能在公司授权范围内进行。 3.受控制方式不同 母公司对子公司一般不直接控制，多采用间接控制方式，即通过做出投资决策以及任免子公司董事会成员来影响子公司的生产经营活动。 分公司则不然，其财产、业务、人事受总公司直接控制，并只能在总公司的经营范围内从事经营活动。 4.承担债务责任方式不同 子公司具有法人资格，其以自身全部财产为其经营活动中产生的债务承担责任。 分公司不仅无独立财产，且在财务上须与总公司统一核算，分公司在经营活动中产生的债务，总公司必须以其全部财产为限承担清偿责任。 5.诉讼中的法律效果不同 我国法人制度的基本精神是法人仅以其自身财产承担民事责任，因子公司是独立法人，故子公司只须以其自身资产为限承担民事责任，除出资人(即子公司的各股东)出资不实或出资后抽逃资金外，无法清偿的部分出资人无须另行承担。 分公司不是独立法人，业务开展过程中出现不能履行债务的情形时，债权人可以要求总公司承担清偿义务，在诉讼中可直接以总公司为被告要求其承担责任。 综上所述，根据最新法律规定，分公司没有法人代表，不能进行税费的缴纳，所以只能进行合并缴税。应当注意的是分公司与子公司不是同一概念，分公司与子公司在设立方式、法律地位、受控制方式、承担债务责任方式、法律效果这五个方面不
企业重组的一般性税务处理怎么操作企业重组的一般性税务处理方式：
企业法律形式改变：
企业由法人转变为个人独资企业、合伙企业等非法人组织，或将登记注册地转移至中华人民共和国境外（包括港澳台地区），视同企业进行清算、分配，股东重新投资成立新企业。企业的全部资产以及股东投资的计税基础均应以公允价值为基础确定。
比如有限责任公司转为合伙企业、公司从杭州转移到香港等，视同公司清算，须缴清算所得税。
债务重组：
以非货币资产清偿债务；分解为转让相关非货币性资产和按非货币性资产公允价值清偿债务，其中转让相关非货币性资产来确认相关资产的所得或损失；按非货币性资产公允价值清偿债来确认债务重组损失（收益）。
股权收购、资产收购重组：
被收购方应确认股权、资产转让所得或损失；
收购方取得股权或资产的计税基础应以公允价值为基础确定；
被收购企业的相关所得税事项原则上保持一致；
企业合并重组：
合并企业应按公允价值确定接受被合并企业各项资产和负债的计税基础；
被合并企业及其股东都应按清算进行所得税处理；
被合并企业的亏损不得在合并企业结转弥补。
企业分立重组：
被分立企业对分立出去资产应按公允价值确认资产转让所得或损失；
分立企业应按公允价值确认接受资产的计税基础；
被分立企业继续存在时，其股东取得的对价应视同被分立企业分配进行处理；
被分立企业不再继续存在时，被分立企业及其股东都应按清算进行所得税处理；
企业分立相关企业的亏损不得相互结转弥补。
公司合并税务办理流程合并一般不须经清算程序。
企业合并时，合并各方的债权、债务由合并后的企业或者新设的企业承继。
企业依法合并后，有关税务事项按以下规定处理：l、被吸收的企业和存续企业依照规定，符合企业所得税纳税人条件的，分别以被吸收的企业和存续企业为纳税人；被吸收的企业已不符合企业所得税纳税人条件的，应以存续企业为纳税人，被吸收企业的未了税务事宜，应由存续企业承继。
企业以新设合并方式合并后，新设企业符合企业所得税纳税人条件的，以新设企业为纳税人。
合并前企业的未了税务事宜，应由新设企业承继。
法律依据:《中华人民共和国企业所得税法实施条例》 第七十一条 企业所得税法第十四条所称投资资产，是指企业对外进行权益性投资和债权性投资形成的资产。
企业在转让或者处置投资资产时，投资资产的成本，准予扣除。
投资资产按照以下方法确定成本：(一)通过支付现金方式取得的投资资产，以购买价款为成本;(二)通过支付现金以外的方式取得的投资资产，以该资产的公允价值和支付的相关税费为成本。
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