登录南京市工商行政管理局网站或“南京市工商局企业年报系统”页面，输入企业营业执照号码和密码登陆系统。
进入系统后，选择“年度报告”菜单，填写基本信息和经营活动情况，包括企业年度财务报表、所得税年度汇算清缴证明以及其他必要材料等。
在填写完年报信息后，进行核对无误后可以提交年报。提交年报后，系统会自动审核报告内容，审核通过即为年报成功。
完成年报后，需要进行缴费。南京市工商局设置了年报缴费专用页面，企业可在线支付年报费用。
缴费后，将会收到缴费成功的提示，同时系统会生成验资报告和年报告知书。企业可以在系统中打印年报告知书，作为公司年报的证明文件。
一般营业执照年报递交时间为每年的1月1日至6月30日，如逾期未办理年报，将会影响到企业的经营活动，需要及时整理和报送。