纸质发票丢了需要区分发票的类型，然后通过以下方法补救：
普通发票丢失的补办办法是先复印存根联，然后拿到公司盖章，再之后交给客户入账；
增值税发票丢失的办法是先把存根联复印，然后交给客户当地的主管税务局，等税务局确认并出具未抵扣税证明，最后报本公司主管税务局，开具红字发票；
开具发票一方丢失已填开的发票联，应重新开具发票交对方入账。重新开具发票时，应在备注栏填写丢失发票的客户名称、发票种类代码和号码、金额，开票单位。开具发票方记账时附上丢失发票的其他联次作为合法入账凭证；
取得发票一方丢失已填开的发票联，应取得原签发单位盖有公章的证明，并注明原来发票的号码、金额和内容等、由经办单位负责人批准后，才能代做原始凭证。实行电子发票的，由开具方按丢失发票代码、号码查询复印发票图片，加盖开具方单位公章作为入账凭据。发票存根联或者记账联的复印件只能作为原始凭证的附件，不能直接代做原始凭证。发票复印件经提供原件的单位注明：此件是我单位提供，与原件相符。加盖公章后，方可作为原始凭据；
纳税人将在税务机关代 的发票联或者记账联丢失，可以向开具发票的税务机关申请出具曾与 开具 发票，说明取得发票单位名称、购货或服务的单位数量、单价、规格、大小写金额、发票字规、发票编码、发票号码等书面证明，或要求开具发票税务机关提供所丢失发票的存根联复印件，经主管税务机关审核后，可作为合法凭据入账；
纳税人丢失发票存根联或者记账联的，应取得发票联的复印件，发票复印件经提供原件的单位注明：此件是我单位提供，与原件相符。加盖公章后，方可作为原始凭据。
对方公司把发票弄丢了怎么办开票方可以不作处理，收票方按如下规定执行：
根据《国家税务总局关于修订《增值税专用发票使用规定》的通知》（国税发〔2006〕156号）第二十八条规定：一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，如果丢失前已认证相符的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》（附件5），经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证；如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件到主管税务机关进行认证，认证相符的凭该专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。
一般纳税人丢失已开具专用发票的抵扣联，如果丢失前已认证相符的，可使用专用发票发票联复印件留存备查；如果丢失前未认证的，可使用专用发票发票联到主管税务机关认证，专用发票发票联复印件留存备查。
一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联，可将专用发票抵扣联作为记账凭证，专用发票抵扣联复印件留存备查
客户发票丢失如何处理法律分析：（一）按照法律法规的规定:对违反规定发生被盗、丢失专用发票的纳税人，主管税务机关必须严格按《中华人民共和国税收征收管理法》和《中华人民共和国发票管理办法》的规定，处于一万元以下的罚款，并可视具体情况，对丢失专用发票的纳税人，在一定期限内(最长不超过半年)停止领购专用发票。
（二）纳税人遗失发票应向税务机关提供书面报告和有关部门证明发票遗失的材料、《发票领购簿》、《发票遗失报告表》，经税务机关审核无误，在《发票遗失报告表》上签署意见后，应在本市报刊或者其他媒体上进行公告,待纳税人公告声明作废后，税务机关再根据以下两种情况进行处理：1、使用发票的单位和个人丢失发票，一律于发票丢失当日或次日(节假日顺延)书面报告主管税务机关，并公告声明作废。
使用发票的单位和个人丢失税务机关门前开具的发票时，可凭该发票的完税凭证向税务机关申请重新开具，税务机关重新开具发票时应在备注栏或空白地方填写丢失发票的取得单位、字轨、金额、编码、号码及丢失发票对应的完税凭证号码，记帐时附上丢失发票的其他联次作为合法入帐凭证，不再补税。
不能出示该发票的完税凭证而申请重新开具发票的，一律按规定补税。
法律依据：《中华人民共和国发票管理办法实施细则》 第三十一条 使用发票的单位和个人应当妥善保管发票。
发生发票丢失情形时，应当于发现丢失当日书面报告税务机关，并登报声明作废。