办理保密资质认证具体流程如下：1、开具《保密资格认定等级建议表》（简称《密级建议表》）。
有权开具密级建议表的单位包括：军队资格审查申请受理点、军工集团公司、项目总承包单位或者法律法规规定的有关部门；2、企事单位依据《密级建议表》确定申请的密级，进行保密要害部门、部位的建设和保密档案的建立；3、向国家或省（自治区、直辖市）保密行政管理部门（会同同级国防科技工业管理部门）报送申请书和有关材料，由省（自治区、直辖市）军工保密资格认证委组织进行保密资格认证的书面审查。
书面审查通过后，准备迎接保密行政管理部门会同共同审批部门组织的现场审查；4、国家或省（自治区、直辖市）军工保密资格认证委根据现场审查结论和有关材料，在规定日期内作出是否批准的决定，并将审查批准的保密资格申请单位有关材料报国家军工保密资格认证委备案；5、国家军工保密资格认证委颁发《武器装备科研生产单位保密资格证书》。
法律依据：《中华人民共和国行政许可法》第十二条下列事项可以设定行政许可：（一）直接涉及国家安全、公共安全、经济宏观调控、生态环境保护以及直接关系人身健康、生命财产安全等特定活动，需要按照法定条件予以批准的事项；（二）有限自然资源开发利用、公共资源配置以及直接关系公共利益的特定行业的市场准入等，需要赋予特定权利的事项；（三）提供公众服务并且直接关系公共利益的职业、行业，需要确定具备特殊信誉、特殊条件或者特殊技能等资格、资质的事项；（四）直接关系公共安全、人身健康、生命财产安全的重要设备、设施、产品、物品，需要按照技术标准、技术规范，通过检验、检测、检疫等方式进行审定的事项；（五）企业或者其他组织的设立等，需要确定主体资格的事项；（六）法律、行政法规规定可以设定行政许可的其他事项。
第十三条本法第十二条所列事项，通过下列方式能够予以规范的，可以不设行政许可：（一）公民、法人或者其他组织能够自主决定的；（二）市场竞争机制能够有效调节的；（三）行业组织或者中介机构能够自律管理的；（四）行政机关采用事后监督等其他行政管理方式能够解决的。
保密资质申请的5个条件保密资质申请的5个条件有：资格条件、聘用条件、管理制度条件、场所条件、安全条件。
资格条件
首先，申请人必须具有中华人民共和国国籍；其次，申请人必须具备完全民事行为能力；此外，申请人必须没有犯罪记录并且没有国家失信记录。
聘用条件
申请企业必须聘用一定数量的有资质的从业人员，这些从业人员必须符合以下条件：一是必须具有中华人民共和国国籍；二是必须具备完全民事行为能力；三是必须没有犯罪记录并且没有国家失信记录；四是必须具有与所从事业务相适应的工作经验和技能。
管理制度条件
申请企业必须建立并有效实施以下保密管理制度：一是对从业人员进行登记和管理；二是对从业人员进行保密培训和教育；三是明确各个岗位的保密责任；四是对涉及保密资料的文件进行登记、借阅和使用管理；五是确保涉及保密资料的文件和信息的安全。
场所条件
申请企业必须有自己独立的办公场所，这个办公场所必须符合以下条件：一是必须与涉密场所彻底隔绝；二是必须有安全可靠的出入管理制度；三是必须有完善的监控和保安措施；四是必须有严密的防火防盗措施。
安全条件
申请企业必须具有以下安全条件：一是必须有涉密计算机信息系统经过安全检测并具有安全保密证书；二是必须有严密的网络安全防范措施；三是必须有完善的涉密资料保管措施；四是必须有必要的防泄露措施。
保密资质怎么申请？(一)申请(意向)受理：拟申请认证组织(以下简称受指导方)提出申请时需提供组织情况简介、营业执照、生产工艺流程图(服务流程、工作流程)等资料。
(二)体系建立、保持：1、组织受指导方进行初访并与其协商制定认证指导工作计划和时间安排表;2、安排专家对受指导方进行ISO9000族、ISO14000族、GB/T28000族等标准进行培训;3、组织受指导方进行文件编写培训，指导体系文件的编写、审查、修改;4、组织指导培训内审员;5、在体系运行过程中组织指导内审和管理评审，并协助整改;6、总结。