退回增值税专用发票超过抵扣期限会面临以下风险：
无法享受税前扣除
增值税是一种逐级征收的税收，纳税人在购买生产性和经营性服务和物品时支付的增值税可以抵扣，减少其实际负担。但是，如果增值税专用发票超过抵扣期限不能享受税前扣除，纳税人就可能需要承担一定的税费，增加了企业的经营成本。
退票难度大
较长的使用周期，可能使纳税人忘记某些重要细节或丢失部分凭证，可能需要更长时间来核对以往的业务记录并联系相关方面。因此，当发票超过抵扣期限后，退票的难度也相对增大，可能需要更多的时间和人力投入。
可能被征收罚款
企业必须按照规定的时间内存档发票，超时存档发票是处罚的其中一项可能。
不合法地存档增值税专用发票的，涉及税务机关、公安机关等相关部门会根据情况，对企业进行罚款。企业越大规模越大，税务风险隐患越大。
信用记录不好
发票是否能够按时登记，是税务机关监管企业纳税记录的关键指标之一。如果企业超时存档发票，将对企业的信用记录产生不良影响。税务机关会对企业的信用评估，将会影响企业在银行贷款和其他融资方面的融资效率，使企业更难以保持良好的经营记录。
因此，为了避免出现以上风险，建议企业在收到增值税专用发票后，必须合法的登记并按时处理所有发票，以避免延迟存档引起的纳税风险。