南京注销公司的流程及费用如下：
公司清算：首先需要进行公司清算，包括清算资产、清偿债务、结算税款等。如果公司有未清偿的债务，需要先与债权人协商解决。
注销申请：完成公司清算后，需要向南京市工商行政管理局递交注销申请，提交的材料包括注销申请书、公司清算报告、税务注销证明、营业执照等。
审核批准：南京市工商行政管理局会对提交的注销申请进行审核，如果符合相关规定，会批准公司注销。
公告公示：南京市工商行政管理局会在指定的报纸上公告公司注销事项，公示期为45天。
领取注销证明：公示期结束后，可以到南京市工商行政管理局领取公司注销证明。
注销公司的费用包括工商注册费用、税务注销费用、清算费用等，具体费用因公司情况而异。如果需要请专业机构代理注销，还需要支付代理费用。